Die strenge Trennung zwischen der Aufgabe der Kommission, den wissenschaftlichen Sachverhalt darzustellen (Risikobewertung), und seiner „Verwertung“ im weitesten Sinne - sei es unter politischen, juristischen, wirtschaftlichen oder anderen gesellschaftlichen Aspekten (Risikomanagement) in den Ministerien - ist ein wesentlicher Faktor für einen wirksamen Gesundheitsschutz am Arbeitsplatz. Die Neutralität und Unabhängigkeit der Kommission sind daher von besonders hoher Bedeutung. Mechanismen und Verfahrensregeln müssen beständig weiterentwickelt und an neue Gegebenheiten angepasst werden.
In den Arbeitsprozessen der MAK-Kommission sind bereits umfangreiche und wirkungsvolle Schutzmechanismen vor unwissenschaftlichen Bewertungen integriert. So findet beispielsweise die Vorbereitung der Dokumente durch das wissenschaftliche Kommissionssekretariat stets im Vier-Augen-Prinzip statt. Die Ableitung von MAK-Werten erfolgt erst nach zahlreichen Diskussionsdurchläufen in der Kommission und nur, wenn eine abschließende, einvernehmliche Einschätzung vorliegt. Die multidisziplinäre Zusammensetzung der Kommission stellt darüber hinaus einen weiteren Schutz vor Einflüssen individueller Interessenslagen dar. Durch die öffentliche Kommentierungsphase von sechs Monaten, mit der alle Ergebnisse der Öffentlichkeit präsentiert werden, ist ein weiterer effektiver Schutz vor unlauteren Einflüssen gegeben.
Zusätzlich dazu wurde in der vergangenen Mandatsperiode ein „Kodex zum Selbstverständnis der Zusammenarbeit in der Ständigen Senatskommission zur Prüfung gesundheitsschädlicher Arbeitsstoffe und ihren Arbeitsgruppen“ erarbeitet und implementiert. Mit diesem Kodex verständigte sich die Kommission auf Regelungen in Bezug auf Verantwortlichkeiten, Kommunikations- und Konfliktregelungen und auch konkrete Rechte und Pflichten der Kommissionsmitglieder in Bezug auf Publikationen der Kommission.