DFGは私法上の協会であり、活動にはこの法律によって規定された機関（理事会・会員総会）の承認が必要とされます。DFGは、定款にある使命を果たし、時代に合わせて変化していく要請に対応できるよう、委員会を追加設置してきました。

理事会

理事会は専任の会長、副理事（現在は8名）、さらにアドバイザー役としてドイツ科学助成連盟の会長をメンバーとしています。

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評議会

評議会は、DFGの学術政策に関する委員会です。研究全般に関する事項に留意しながら、その連携を促進し、学術的ステートメントを通じて政府や議会、官庁へ助言を行い、外国の学界に対しドイツの研究の利益を擁護しています。

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協議会

協議会はDFGの最高意思決定機関で、評議会の決議をもとにDFGが関わる学術政策について最終的な決定を下します。

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会員総会

DFGの会員は、大学、大規模な研究機関、科学アカデミー、各種の学術団体です。会員総会は年に一度開催され、各機関から代表者1名が出席します。

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審査委員会

審査委員会の最大の使命は、助成決定の前段階において質の高い専門的評価を下すことにあります。

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