Bund und Länder beschlossen 2005 die Vereinbarung zur Exzellenzinitiative. Ziel der Initiative ist, den Wissenschaftsstandort Deutschland nachhaltig zu stärken, seine internationale Wettbewerbsfähigkeit zu verbessern und Spitzen im Universitäts- und Wissenschaftsbereich sichtbarer zu machen.
Der DFG wurden hierzu von 2006 bis 2011 insgesamt 1,9 Milliarden Euro zusätzliche Mittel für drei Förderlinien
zur Verfügung gestellt. Die DFG führte die Initiative gemeinsam mit dem Wissenschaftsrat durch, der insbesondere die dritte Förderlinie (Zukunftskonzepte) betreute.
Im Juni 2009 haben Bund und Länder beschlossen, die Exzellenzinitiative über das Jahr 2012 hinaus für weitere 5 Jahre mit einem Gesamtfördervolumen von 2,7 Milliarden Euro fortzusetzen.
Nach den Förderentscheidungen 2012 wurden 45 Graduiertenschulen, 43 Exzellenzcluster und 11 Zukunftskonzepte gefördert.