Für spezielle Aufgabenbereiche hatte die Kommission Arbeitsgruppen eingerichtet, in denen auch Personen mitwirkten, die nicht Mitglieder der Kommission waren, aber besondere Expertise in den jeweiligen Bereichen besitzen.
Die AG „Biodiversitätsdaten“ berät die Kommission in Fragen der verschiedenen Biodiversitätsdatenbanken und -repositorien, der Standardisierung von Biodiversitätsmetadaten, der Sicherung von Forschungsdaten und der Datenverfügbarkeit. Eine ihrer vordringlichen Aufgaben ist es, Datenstrukturen und Verfahren für die dauerhafte Lagerung und Zugänglichkeit der multidisziplinären Biodiversitätsdaten zu identifizieren, eine Bedarfsanalyse durchzuführen und Vorschläge zu entwickeln, wie vorhandene Daten-Infrastrukturen unter einem Dach gebündelt werden können. Um die äußerst komplexen Fragen der Biodiversitätsforschung beantworten zu können, ist ein möglichst breiter Zugang zu qualitätsgeprüften Forschungsdaten unbedingt erforderlich. Ein großer Teil der früher erhobenen Daten liegt jedoch noch nicht in digitaler Form vor und ist für die heutige Biodiversitätsforschung weder kurz- noch langfristig zugänglich. Dadurch ist eine Nutzung dieser Daten, die häufig mit großem finanziellem Aufwand erhoben wurden, nicht gewährleistet. Die zu entwickelnden Strukturen müssen nicht nur diesen Nachholbedarf auffangen, sondern die Kompatibilität und Standardisierung der Daten auch in Bezug auf zukünftige Anforderungen gewährleisten, um die Daten in geeigneten Datenrepositorien vorhalten und Datenaustausch und –nutzung auf nationaler und internationaler Ebene betreiben zu können. Erste Schritte in dieser Richtung wurden bereits durchgeführt. Des Weiteren ist die „AG Biodiversitätsdaten“ bestrebt, Vorurteile und Hindernisse für die Datenbereitstellung seitens der Biodiversitätsforschenden zu erkennen und Möglichkeiten für das Setzen von Anreizen zu deren Überwindung aufzuzeigen.Die Arbeitsgruppe arbeitet mit der Gruppe „Wissenschaftliche Literaturversorgungs- und Informationssysteme“ der DFG-Geschäftsstelle zusammen.
Die AG "Biodiversitäts-Forschungsverbünde" widmet sich der Kooperation zwischen den von der DFG geförderten einschlägigen Verbundprojekten, um durch gezielte Maßnahmen eine Effizienzsteigerung zu erreichen. Dabei geht es um Fragen der Infrastruktur, um technische und methodische Zusammenarbeit im Sinne von Capacity Building, aber auch vor allem um die Förderung von Datenanalyse und Theoriebildung.
Für die Erstellung belastbarer Aussagen und Szenarien erfordert die Ökosystem-bezogene Biodiversitätsforschung außer einem breiten multidisziplinären Ansatz ein längerfristiges Monitoring nach möglichst einheitlichem, aber maßgeschneidertem Protokoll. Hierfür bietet sich die Einrichtung von Biodiversitätsplattformen an, die je nach den terrestrischen oder aquatischen Ökosystemen und den jeweiligen Forschungszielen mehrere Verbundprojekte umfassen können. Die Senatskommission für Biodiversitätsforschung hat derartige Plattformen für Biodiversitätsforschung folgendermaßen definiert.
Definition einer Plattform für Biodiversitätsforschung
Eine Plattform für Biodiversitätsforschung fokussiert sich auf ein terrestrisches oder marines Ökosystem in einer durch geographische Koordinaten (x, y, z) definierten Region. Die Forschungsplattform verfügt über eine exzellente instrumentelle und logistische Ausstattung für langfristiges Biodiversitätsmonitoring und zukunftsweisende Untersuchungen auf dem Gebiet der Global Change Forschung. Schwerpunkte dieser Forschung sind die biotischen und biotisch-abiotischen Wechselwirkungen im Ökosystem in Raum und Zeit, sowie die Folgen des Eingriffs des Menschen für diese Interaktionen. Die Plattform verfügt über Experimentierflächen mit standardisierter Ausstattung für interdisziplinäre ökologische und biologische Untersuchungen und über eine aktuell gehaltene Datenbank mit der Möglichkeit zur Metadatenanalyse. Die Plattform ist grundsätzlich für alle thematisch einschlägigen, erfolgversprechenden Projekte der internationalen Gemeinschaft der Biodiversitätsforschenden offen.
Die AG "Access and Benefit Sharing (ABS)" beriet die Kommission im Hinblick auf die Anforderungen der Biodiversitätskonvention (Convention on Biological Diversity, CBD) an Forschungsprojekte. Die AG begleitete die Arbeit der Conference of the Parties (COP) zur CBD mit der Maßgabe, dort die besonderen Bedürfnisse der Grundlagenforschung zur biologischen Diversität zu vertreten. Sie erarbeitete Richtlinien und Musterverträge, um die Konformität der von der DFG geförderten Projekte mit den Intentionen der CBD sowie die für die freie Grundlagenforschung notwendigen Forschungsbedingungen auch in Zukunft zu gewährleisten.
Im Februar 2011 hatte die AG über einen Aufruf des Generalsekretärs der CBD bzgl. der CBD Decision X/1, Paragraph 7 beraten, in dem um Kommentare zu verschiedenen offenen Fragen des Nagoya-Protokolls gebeten wurde, dem die Vertragsstaaten im Oktober 2010 zugestimmt hatten und die die Biodiversitätsforschung im allgemeinen betrafen. Das Ergebnis dieser Beratung wurde der Senatskommission vorgestellt, die daraufhin mit Schreiben vom 14.03.2011 eine Stellungnahme abgab.
Unter globalem Wandel versteht man die Veränderungen des Klimas und der Strukturen der Biosphäre durch die rasant wachsende Erdbevölkerung und ihre Aktivitäten. Globaler Wandel verändert und gefährdet die vielfältigen Dienstleistungen, die der Mensch von seiner Umwelt bezieht. Während die Grundkomponenten des globalen Wandels durch Klimamessungen und Satellitenaufnahmen gut dokumentierbar sind, sind die Auswirkungen auf die Lebensbereiche wegen der hohen Komplexität schwer erfass- und prognostizierbar. Dies ist der Forschungsbereich des Biodiversitätsmonitorings anhand aussagekräftiger Indikatoren. Obwohl die Notwendigkeit des Biodiversitäts- und Ökosystem-Monitorings unbestritten und auch im Nagoya-Protokoll der CBD verankert ist, fehlen dafür generell anwendbare Richtlinien. Einzelne Länder, wie z.B. die Bundesrepublik Deutschland, haben bei der Umsetzung ihrer Nationalen Strategien zur Biologischen Vielfalt solche Richtlinien inklusive ausgewählter Indikatorsysteme erlassen, jedoch ist der Kenntnisstand über die biologische Vielfalt regional sehr unterschiedlich und besonders in den tropischen Ländern mit hoher Biodiversität noch ausgesprochen lückenhaft und dürftig.
Das Monitoring des Biodiversitätswandels muss also Region-bezogen auf verschiedenen Ebenen erfolgen. Die AG „Monitoring und Indikatoren" hat hierfür zukunftsweisende Vorstellungen entwickelt und diese in einem White Paper dargestellt: Wo der Kenntnisstand über die aktuelle Organismen-Vielfalt gering ist, gilt es zunächst, diesen zu verbessern und geeignete Indikatorarten zu identifizieren. Bei guter Kenntnis des Organismen-Bestandes sollten hingegen die viel empfindlicher auf Umweltveränderungen reagierenden Wechselbeziehungen zwischen den Organismen untereinander und mit der abiotischen Umwelt Ziel des Monitorings sein. Damit könnte man auch in die Ursachenforschung für den Biodiversitätswandel und den mittlerweile allgemein akzeptierten Artenschwund einsteigen. Die Erfassung sowohl des Organismen-Bestandes als auch der Wechselwirkungen, sowie der Erweiterung des Biodiversitätsmonitorings bis auf die globale Ebene erfordern Methodenentwicklung, die in der AG im Hinblick auf Empfehlungen ebenfalls verfolgt und diskutiert wurde.
Mit dem White Paper of the Commission for Biodiversity Research to the Senate of the DFG (SKBDF) „Biodiversity monitoring & indicators" wurden wesentliche Ideen zur Verbesserung des Biodiversitätsmonitorings in den Biodiversitäts-Forschungsverbünden geliefert, die nun in den Verbünden umgesetzt werden müssen. Die AG Monitoring und Indikatoren hat ihre Tätigkeit mit der Abfassung des White Papers erfolgreich zum 30. April 2014 abgeschlossen.