Im Januar 2004 leitete die damalige Bundesregierung eine grundlegende Novellierung des Gentechnikgesetzes (GenTG) ein. Das GenTG regelt die Voraussetzungen für und den Umgang mit dem Anbau gentechnisch veränderter Pflanzen.

Mit der Gesetzesänderung sollte die europäische Richtlinie 2001/18/EG umgesetzt werden. In diesem Gesetzgebungsverfahren hat die DFG gemeinsam mit der Allianz der Wissenschaftsorganisationen die Interessen der Forschung vertreten. Dabei hat sie deutlich gemacht, dass der wissenschaftsgetriebene Anbau gentechnisch veränderter Organismen durch die Neuregelungen erheblich erschwert, wenn nicht unmöglich gemacht wird. Am 4. Februar 2005 trat der erste Teil des Gesetzes in Kraft.

Im Dezember 2005 leitete die EU-Kommission wegen der noch nicht vollständig erfolgten Umsetzung der Freisetzungsrichtlinie in nationales Recht ein Zwangsgeldverfahren gegen die Bundesrepublik Deutschland ein. Das GenTG wurde daher zunächst umfassend an die Freisetzungsrichtlinie angepasst. Die - in erster Linie verfahrenstechnischen - Änderungen sind im März 2006 in Kraft treten. Die vorerst letzte Änderung erfolgte durch das im April 2008 in Kraft getretene 4. GenTRNeuordG, das allerdings die Erwartungen der DFG nicht erfüllt hat. Die DFG Senatskommission für Grundsatzfragen der Genforschung beschäftigt sich fortlaufend mit dem Themengebiet „Grüne Gentechnik“.