Die Programmpauschale wurde 2007 eingeführt und zunächst wurden 20 % der direkten Projektmittel als Programmpauschale gefördert – ab dem 1.1.2016 wurde die Programmpauschale auf 22 % erhöht. Von Beginn an ist in allen Vereinbarungen zur Programmpauschale bis heute festgelegt, dass die Programmpauschale nicht zur Verstärkung von direkten Projektausgaben verwendet werden darf, sondern ausschließlich zur Deckung der mit der Förderung verbundenen indirekten, variablen Projektausgaben dient, die bei betriebswirtschaftlicher Betrachtung durch die Forschungsprojekte verursacht sind.
Zur Wirksamkeit und zweckentsprechenden Verwendung dieser Programmpauschalen hat der Bundesrechnungshof (BRH) 2021 einen Prüfbericht erstellt und vorgelegt. Diesen Bericht hat der Rechnungsprüfungsausschuss des Deutschen Bundestages (RPA) im Mai 2021 zustimmend zur Kenntnis genommen und Beschlüsse gefasst, in denen er zur Sicherstellung des bestimmungsgemäßen Einsatzes der Mittel Vorgaben durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) und die DFG erwartet, die zu einer deutlichen Präzisierung der Vereinnahmung und einer transparenten und überprüfbaren Administration der Programmpauschale führen.
Nach diesen Beschlüssen hat die DFG zudem sicherzustellen, dass die geförderten Einrichtungen die DFG-Programmpauschale im allgemeinen Haushalt vereinnahmen und transparent und überprüfbar einsetzen.
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