Bonnie Murphy wurde auf dem Gebiet der anorganischen Biochemie und der Spektroskopie komplexer Metalloenzyme promoviert, die für die von ihnen katalysierten Reaktionen metallhaltige Kofaktoren benötigen. Während ihrer Zeit als Postdoktorandin hat sie mithilfe von Kryo-Elektronenmikroskopie die erste Struktur des intakten mitochondrialen Enzyms „ATP-Synthase“ in molekularer Auflösung beschrieben. Dabei handelt es sich um ein Transmembranprotein, das für den zellulären Energiehaushalt und damit für fast alle Vorgänge im Organismus eine wichtige Rolle spielt. Mit ihrer Arbeitsgruppe konnte Murphy zudem weitere wichtige Strukturen lösen: diejenige eines großen Enzymkomplexes, der CO2 in Methan umwandelt, sowie die Struktur eines Enzyms, das Wasserstoff produziert. Beide Arbeiten sind nicht zuletzt gesellschaftlich bedeutsam, da sie Erkenntnisse für die biotechnologische Herstellung chemischer Energiespeicher und zur Bewältigung des Klimawandels liefern.